La bioinformatique intégrative : principes et mise en œuvre sur un jeu de données multi-omiques.

Présentation de la formation
La bioinformatique intégrative est une thématique scientifique pluridisciplinaire récente qui combine et analyse des données biologiques provenant de différentes sources dans le but d’obtenir une compréhension holistique des systèmes biologiques.
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise une école thématique à destination des bioinformaticiens/biostatisticiens/bioanalystes souhaitant acquérir des compétences théoriques et pratiques en bioinformatique intégrative.
Cette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes et pourra accueillir 30 participants maximum pour sa nouvelle édition.
Les sessions pratiques de l’école thématique s’appuieront sur des jeux de données fournis par les formateurs, spécialement sélectionnés pour illustrer les concepts abordés et permettre une mise en application concrète des méthodes présentées.
Par ailleurs, des temps de travail en sous-groupes permettront à celles et ceux qui le souhaitent d’analyser leurs propres données(Bring Your Own Data BYOD), sous réserve que ces données soient partageables au sein des participants, adaptées aux approches présentées durant la formation et non sensibles (par exemple, ne contenant pas d’informations liées à des patients ou des données confidentielles).
Ce mode de fonctionnement permettra d’adapter les exercices aux contextes scientifiques réels des participants et de favoriser les échanges autour de cas pratiques variés.
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation des ressources de calcul et environnements de travail de l’Institut Français de Bioinformatique (https://www.france-bioinformatique.fr/calcul-et-stockage/).
Les participants sont donc invités à respecter les conditions d’utilisation du Cluster IFB, notamment celles concernant le traitement de données dites sensibles ou de santé humaine, détaillées à l’adresse suivante : https://doc.cluster.france-bioinformatique.fr/terms-of-usage/#cas-des-donnees-dites-sensibles-ou-de-sante-humaine. Cette démarche garantit un cadre de travail conforme aux bonnes pratiques en matière de gestion et de partage des données scientifiques.

Public visé
Cette formation est ouverte à tous les scientifiques (doctorant·e·s, ingénieur·e·s, chercheur·e·s) impliqués dans un ou plusieurs projets de bioinformatique intégrative mobilisant des jeux de données omiques de natures différentes.

Pré-requis
- Connaissances de base en Unix/shell, R
- Autonomie dans la gestion et l’administration de son poste de travail (installation de librairies et utilisation des environnements de packaging type conda)
- Une expérience préalable en analyse de données, idéalement appliquée à un jeu de données omiques, est attendue.

Objectifs pédagogiques
La formation a pour objectif :
- d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative
- de proposer un approfondissement et une mise en pratique de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques
- de faire bénéficier aux participants de l’expertise de l'équipe pédagogique sur la mise en œuvre des méthodes intégratives présentées durant la formation sur des jeux de données proposés par les participants.
A la fin de cette formation les participants :
- auront acquis un socle de connaissances générales en bioinformatique intégrative
- auront identifié et appliqué sur un exemple les méthodes les plus utilisées en bioinformatique intégrative (méthodes de réduction de dimension, approches Réseaux, web sémantique) et auront mis en œuvre une analyse intégrative sur un/des jeux de données proposés lors de la - formation.