Cette formation introduira notamment la librairie Seurat permettant la manipulation et l'analyse de données Single Cell RNA-seq ainsi que la visualisation des résultats d'analyse

• Rappels des concepts du séquençage Single Cell RNA-seq
• Importation des données Single Cell dans R
• Intégration de données Single Cell multiples
• Quality Check et pré-traitement des données
• Normalisation de données
• Identification de marqueurs
• Clustering et assignation cellulaire
• Analyse différentielle des groupes cellulaires
• Savoir intégrer les données de spatialisation
• Savoir intégrer les données de trajectoire
• Savoir intégrer les données de communication cellulaire
• Savoir intégrer les données d'épigénétique (ATAC-seq)