Contact: ecole-bioinfo@aviesan.fr

Keywords: next-generation sequencing, bioinformatics, ChIP-seq, RNA-seq, Variant detection, Single Cell Genomics

Venue: Station Biologique De Roscoff

City: Roscoff

Region: Finistère

Country: France

Postcode: 29680

Prerequisites:

Aucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.

Learning objectives:

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), auxquelles nous ajoutons une nouvelle session: single-cell RNA-Seq, et inclura une introduction aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.

Organizer: Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB

Host institutions: Station Biologique de Roscoff, CNRS, Sorbonne Université, French Institute of Bioinformatics (IFB)

Eligibility:

• Registration of interest

Target audience: Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.

Capacity: 40

Event types:

• Workshops and courses

Cost basis: Cost incurred by all

Sponsors: Aviesan ITMO GGB, INSERM, IFB

Scientific topics: Sequencing, ChIP-seq, RNA-Seq, Genetic variation, Whole genome sequencing, Bioinformatics, Genomics

Operations: Sequence alignment, Read mapping, Read pre-processing, Peak calling, Expression analysis, Genetic variation analysis, Visualisation

External resources: